中国外交部发言人刘建超8日表示，钓鱼岛及其附属岛屿自古以来就是中国的固有领土。中方有关船只在中国管辖海域进行正常巡航活动是无可非议的。

然而，河村建夫在9日内阁会议后的记者发布会上称，日方已经通过外交渠道对中国调查船侵犯“尖阁诸岛、钓鱼岛”周围领海一事提出抗议。他说：“中方发表谈话，称‘无可非议’，但尖阁诸岛从国际上和历史上看都是我国的固有领土，毋庸置疑。”

日本外相中曾根弘文也在记者会上强调，“将继续要求中方说明目的，并要求避免事态再次发生”。河村建夫还透露，麻生将于13日召开的中日韩三国首脑峰会上直接向中国总理温家宝提出抗议。日本TBS电视台认为，这可能成为中日摩擦的新火种。